Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS) merupakan organisasi siswa resmi di sekolah yang disatukan dengan organisasi IPNU/IPPNU yang berada di bawah naungan Nahdlatul Ulama.
Reformasi OSIS atau pemilihan ketua osis baru dilaksanakan secara demokratis setiap bulan September, bersama-sama dengan pemilihan ketua OSIS MTs NAHDLATUL MUSLIMIN UNDAAN KUDUS . Seluruh siswa berhak dipilih dan memilih ketua OSIS yang baru.